Greenpeace affirme qu'un EPR générera des déchets beaucoup plus radioactifs qu'une centrale classique, et plus difficile à retraiter .
Ces données viennent d'organismes suisses et finlandais, et sont contestées par EDF . Au total, avec les problèmes liés à la construction et celui 
des déchets le coût d'un EPR sera très supérieur aux premières estimations .
Le communiqué de greenpeace (extrait) :
France — Au lendemain de l'annonce de la construction prochaine d'un deuxième réacteur nucléaire EPR en France, sur le site de Penly (Seine-Maritime), et alors que se déroule à Mortain (Manche) une manifestation contre le premier EPR de Flamanville et la future ligne très haute tension destinée à le raccorder au réseau électrique, Greenpeace affirme, preuve à l'appui, que ce nouveau réacteur va produire des déchets sept fois plus radioactifs que ceux générés par ses prédécesseurs. Une information relayée en Une du quotidien International Herald Tribunewww.iht.com/articles/2009/01/30/business/nuclear.4-419744.php).
